В ГКУ «Курганское областное бюро судебно-медицинской экспертизы» имеются следующие структурные подразделения:
- Отдел судебно-медицинской экспертизы трупов (в его составе Курганское городское отделение СМЭ трупов, Районные, межрайонные обособленные подразделения и Судебно-гистологическое отделение),
- Отделение судебно-медицинской экспертизы потерпевших, обвиняемых и других лиц
- Судебно-химическое отделение
- Судебно-биологическое отделение
- Медико-криминалистическое отделение
- Организационно-методический отдел
- Отдел особо сложных (комиссионных) экспертиз