В ГКУ «Курганское областное бюро судебно-медицинской экспертизы» имеются следующие структурные подразделения:

- Отдел судебно-медицинской экспертизы трупов (в его составе Курганское городское отделение СМЭ трупов, Районные, межрайонные обособленные подразделения и Судебно-гистологическое отделение),

- Отделение судебно-медицинской экспертизы потерпевших, обвиняемых и других лиц

- Судебно-химическое отделение

- Судебно-биологическое отделение

- Медико-криминалистическое отделение

- Организационно-методический отдел

- Отдел особо сложных (комиссионных) экспертиз

- Дежурное отделение